Bahía Málaga alberga una inmensa diversidad de especies de fauna y flora,
continental y marina, la cual soporta la hipótesis de que este sitio es un
refugio pleistocénico, e inscribe el área como parte de los "Hot
Spots" de la conservación de naturaleza a escala planetaria. La bahía
es reconocida mundialmente por ser uno de los sitios de destino de la migración
estacional de poblaciones de la ballena jorobada (Megaptera novaeangliae),
la cual arriba a sus aguas cálidas y calmadas para criar a sus ballenatos y con
fines reproductivos. El área protegida es el resultado de un trabajo
coordinado entre Parques Nacionales Naturales de Colombia, como autoridad
ambiental, y los cinco consejos comunitarios: La Palta - Bahía Málaga, Ladrilleros, Juanchaco, La Barra y Puerto España - Mirarmar.
La geomorfología del área protegida, en la parte más externa de la bahía,
está bordeada al norte por playas arenosas relativamente anchas (Juanchaco y
Ladrilleros) formadas por la acumulación de arenas de origen continental
transportadas por los ríos y acumuladas en la Punta Norte debido al
hidrodinamismo de la zona. Estas playas están sometidas a la acción casi
permanente de oleajes fuertes. La región sur y los bordes centrales de la bahía
presentan bordes costeros constituidos por formaciones terciarias de sedimentos
consolidados, lo que da a la bahía una apariencia de costa rocosa cubierta por
bosques densos y árboles grandes. (Cenipacífico 1986)
En algunas regiones cercanas a la desembocadura de quebradas que llegan a la
región central de la bahía, se notan acumulaciones medianas de lodo que forman
planos de lodo ("mud-flats"). La mayoría de estos han servido en su
parte superior para el desarrollo de pequeñas asociaciones de manglares poco
desarrolladas sobre todo de Rhizophora y Avicenia, los cuales
reposan sobre fondos fango-arenosos, fango-pedregosos y hasta rocosos. En otras
zonas se encuentran playas más estrechas y de nivel superior, constituidas por
cantos y gravas rodados (Cenipacífico 1986).
En varios puntos de la bahía se encuentran pequeños islotes que poseen el
mismo tipo de formación geológica de los bordes costeros. Su cercanía a ellos y
la dinámica actual hacen pensar que fueron salientes costeros que se separaron
por la acción de la bioerosión y de la erosión marina. Estos islotes presentan
sustratos rocosos con acumulación de fango, lo que hace que los bordes sean
playas fangosas intermareales, con grandes cantidades de bloques, cantos y
gravas.
La región de Bahía Málaga, sin ser la más lluviosa del Pacífico colombiano,
posee registros de lluvias de 300 días por año y es raro que se presenten más
de 20 días seguidos sin llover. La mayoría de las precipitaciones son nocturnas
y se extienden hasta las primeras horas de la mañana. Las tormentas eléctricas
son frecuentes, aunque de corta duración, y la humedad del aire se
mantiene cercana a niveles de saturación que son superiores al 80%. Aquí
no se presentan verdaderas estaciones secas, sino que puede hablarse de épocas
menos lluviosas, las cuales presentan un rango entre 300 y 400 mm/mes, y las
épocas de lluvias (agosto a diciembre), cuando los promedios pueden alcanzar
entre los 700 y más de 900 mm por mes (Cenipacífico 1986). Se calcula que las
precipitaciones promedio anuales son generalmente superiores a 6.000 mm., y en
muchos casos alcanzan los 7.000 e incluso los 8.000 mm.
La alta pluviosidad de la zona tiene un fuerte efecto sobre la hidrografía
terrestre del área y ocasiona un patrón de drenaje muy cargado, las cuales
debido a lo escarpado del terreno, tienen a desembocar con caudales
relativamente fuertes. La mayoría de estas corrientes forman quebradas
relativamente pequeñas, a excepción del estero Agujeros, la quebrada Valencia,
Luisico, El Morro y el río La Sierpe; estas caen directamente sobre el agua
marina de la bahía, formando pequeñas cascadas de uno a cinco metros de altura.
Estas quebradas están afectadas igualmente por las mareas y aumentan su volumen
de agua durante la bajamar (Cenipacífico 1986).
Completan la base hidrografía de la región las quebradas y riachuelos La
Despensa, Juanchaquito y Arrastradero, y los ríos Bongo, Bonguito y San Juan;
particularmente, este último genera importantes corrientes que modifican la
salinidad de la zona estuarina, cuya influencia se extiende hasta la boca de
entrada a Bahía Málaga. Estos cursos de agua conforman una densa red hídrica
que drena la intensa pluviosidad del bosque húmedo tropical y que, en virtud de
su corto recorrido, presentan índices bajos de biodiversidad y productividad
primaria. Sin embargo, la sumatoria de sus aportes se traduce en la dilución de
las aguas saladas de Bahía Málaga, lo cual le da el carácter de estuario y
forma parte vital de su balance hídrico, con salinidades que pueden fluctuar
entre 5 y 26 partes por mil, según se trate de condiciones de marea entrante o
saliente y según se halle en la boca o al interior de la bahía.
De acuerdo con las características bioclimáticas de la zona, el área
pertenece a la categoría de bosque muy húmedo tropical (bmh-T). Esta
localidad reúne en su entorno representaciones de la mayor parte de los
ecosistemas marinos y costeros de la región, destacándose comunidades marinas
de hábitats pelágicos, bentónicos y litorales, con pequeñas formaciones de
octocorales, ecosistemas y comunidades de la interfase mar-tierra, con
asociaciones de manglares, bosques de transición (guandales, natales y
naidizales), zonas de estuarios, esteros y deltas, playas lodosas, arenosas y
rocosas, así como acantilados y numerosos islotes. En ella hay también
comunidades y ecosistemas terrestres de bosque húmedo tropical de colinas bajas
y terrazas disectadas, con relieve pronunciado que incluye un conjunto
heterogéneo de ríos y quebradas.
El ambiente marino de Bahía Málaga se caracteriza por la existencia de un
número apreciable de biotopos diferentes, localizados en forma dispersa en toda
la bahía. Esta constituye, por tanto, un lugar de condiciones naturales
excepcionales, al reunir ella sola, muchos de los hábitats y condiciones de
vida marina de toda la costa Pacífica colombiana. Cada uno de estos ambientes
alberga una comunidad biológica importante que mantiene los procesos ecológicos
necesarios para sostener la biodiversidad y la productividad de los ecosistemas
(Suárez 1992). Específicamente el área incorpora el 25.88 % de la Ecorregión
Buenaventura correspondiente a litorales, planos de lodo inundables, fondos
blandos y rocosos y sistema pelágico (nerítico) estuarino. (IDEAM
2007).